home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ MacFormat 1995 March / macformat-022.iso / Shareware City / Science / RasMol2 / ChangeLog < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1994-10-28  |  12.5 KB  |  282 lines  |  [TEXT/ttxt]
  1. [25/10/94]      molecule.c molecule.h command.c abstree.h
  2.                 Once again improved the method rasmol uses to determine
  3.                 bonding by maintaining the covalent radius of every element.
  4.                 The "connect <boolean>" command has been implemented.
  5.  
  6. [24/10/94]      rasmac.c molecule.c outfile.c script.c
  7.                 Associated a file creator, a file type and an icon with all
  8.                 of RasMac's output files; clicking on kinemage output starts
  9.                 Mage. Fixed compatability problem with metrowerks C compiler. 
  10.  
  11. [24/10/94]      raswin.c mswin31.c command.c transfor.c render.c outfile.c
  12.                 Made several changes to RasMol to allow it to compile under
  13.                 Microsoft Windows. Added command line options to raswin.
  14.  
  15. [24/10/94]      rasmac.c rasmac.rsrc
  16.                 Added the ability to detect a file's type information when
  17.                 using apple events. Also added handing of 'mMOL' signature
  18.                 used by MDL's MOL files. This allows Mol files and RasMol
  19.                 scripts to be treated sensibly when dragged & dropped.
  20.  
  21. [20/11/94]      x11win.c
  22.                 Added an XQueryExtension test to OpenDials to avoid problems
  23.                 on servers that don't understand XInputExtension. Changed
  24.                 MITSHM to use XQueryExtension rather than the undocumented
  25.                 XShmQueryExtension call. Fixed MacX popup menu problem.
  26.  
  27. [20/11/94]      transfor.c transfor.h command.c tokens.h
  28.                 Implemented the RasMol "colour dots potential command".
  29.  
  30. [19/10/94]      rasmac.c rasmac.rsrc
  31.                 Implemented File Open, Save and Export Dialog boxes.
  32.  
  33. [18/10/94]      x11win.c rasmol.c graphics.h command.c
  34.                 Finished completely rewritting the X User Interface to comply
  35.                 with the OSF Motif guidelines.
  36.  
  37. [14/10/94]      abstree.c
  38.                 Added the american spellings of the elements ot RasMols'
  39.                 exception table; cesium, aluminum and sulfur.
  40.  
  41. [13/10/94]      applemac.c rasmac.c
  42.                 Implemented RasMac's About and Fatal Error Message Dialog
  43.                 boxes. Also implemented "paste" into the terminal window.
  44.  
  45. [12/10/94]    x11win.c
  46.                 Fixed a bug in RasMol caused by displaying a 32bit image
  47.                 on a machine with the opposite byte order, e.g. AXP & SGI.
  48.  
  49. [12/10/94]      applemac.c
  50.                 Fixed bug in ClipboardImage and improved printer handling.
  51.  
  52. [11/10/94]      rasmac.c applemac.c rasmac.rsrc
  53.                 RasMac now interprets the `core' Apple Events and `works'
  54.                 under MacMosaic. At present assumes all files are PDB data.
  55.                 Implemeted "Print", "Copy" and "Page SetUp" menu options.
  56.                 Fixed some portability problems for Metrowerks C.
  57.  
  58. [10/10/94]      outfile.c
  59.                 Implemented generation of 32bit PICT files.
  60.  
  61. [07/10/94]    outfile.c outfile.h command.c tokens.h
  62.         Added the ability to generate PICT images on all platforms
  63.                 when running the 8bit version of RasMol.
  64.  
  65. [07/10/94]      command.c command.h
  66.                 Avoided problems zooming when no molecule is loaded. Made
  67.                 TokenValue a Long, this corrects bug in over zooming.
  68.                 Forced function prototypes on Macs as well as ansi C & PCs
  69.  
  70. [07/10/94]      x11win.c
  71.                 Provided (compromise) better support for 32/24bit X displays
  72.                 that are not RasMol endian, this displays images correctly
  73.                 on the screen but generates incorrect raster files!
  74.  
  75. [06/10/94]      script.c command.c command.h
  76.                 Added file format to the load statement and added UNIX style
  77.                 scripting comment to the generated RasMol scripts.
  78.  
  79. [06/10/94]      command.c command.h
  80.                 Fixed bug in RasMac that caused file names to be converted 
  81.                 to upper case and truncated at the first space [like RasWin].
  82.  
  83. [06/10/94]      Imakefile rasmol.h command.c rasmol.c
  84.                 Improved the RasMol Imakefile. Added much better support
  85.                 for HP-UX version 9.x. Special thanks to Richard Lloyd.
  86.  
  87. [06/10/94]      render.h
  88.                 Fixed Ribbons bug caused by isqrt on sun386i machines!
  89.  
  90. [28/09/94]    applemac.c
  91.                 Implemented dither mode CopyBits transfers when displaying
  92.                 on screens with less than 256 colours.
  93.  
  94. [26/09/94]      rasmac.c applemac.c
  95.                 Reorganised mouse movement processing using null events similar
  96.                 to the Windows version. Implemented all 'MouseMode's using the
  97.                 option and command keys. Added 'Edit' Menu to main Menu.
  98.  
  99. [26/09/94]    molecule.c
  100.                 Treat 'END' records identically to 'TER' records, allowing PDB
  101.                 files to be concatenated. 
  102.  
  103. [23/09/94]      rasmol.h
  104.                 Fixed a problem with the "ToUpper" macro on the Evans and 
  105.                 Sutherland ESV caused by non-ansi C compiler (like sun386i).
  106.  
  107. [23/09/94]      molecule.c
  108.                 Made several changes to the processing of PDB files. TER
  109.                 now forces a split between chains (with identical chain idents)
  110.                 Protein mainchain hydrogen bonding only within a single chain.
  111.  
  112. [23/09/94]      x11win.c
  113.                 Extended RasMol's handling of dials boxes to allow the use of
  114.                 Silicon Graphics' "Absolute" mode dials box. This fixes several
  115.                 usability problems. Thanks to Steve Jordan.
  116.  
  117. [22/09/94]    abstree.c
  118.                 Made '#' synonymous to the wildcard '?' in atom names.
  119.  
  120. [22/09/94]      script.c
  121.                 No longer comment out the load command in scripts generated 
  122.                 by the "write script" command. Thanks to Paul Charifson.
  123.  
  124. [16/09/94]    tokens.h transfor.h transfor.c command.c
  125.                 Introduced the colour scheme "charge". This is identical
  126.                 to temperature except high values are blue, low are red.
  127.  
  128. [16/09/94]      graphics.h applemac.c transfor.c
  129.                 Corrected bug in 32bit RasMol when using more than 256 
  130.                 colours, e.g. "colour group". Implemented 32bit Mac version.
  131.  
  132. [15/09/94]    x11win.c
  133.         Finally corrected problem with colour map flashing on SGI
  134.                 Personal Iris Machines caused by Enter & Leave Notification.
  135.         Deleted unused functions "AllocSharedMem" and "FreeSharedMem".
  136.  
  137. [15/09/94]      rasmac.c applemac.c render.c command.c command.h
  138.                 Ported RasMol to compile on both the Apple Machintosh 
  139.                 and the PowerPC (native) using the Metrowerks C compiler. 
  140.  
  141. [15/09/94]    abstree.h abstree.c
  142.         Revised the Van der Waals radii for all the elements in
  143.                 the periodic table. Atomic symbol 'Lw' is same as 'Lr'.
  144.  
  145. [14/09/94]    command.c
  146.         Added the function FetchFloat to allow the user to specify
  147.         real (fixed point) values. All commands taking distances in
  148.                 RasMol units (including "set radius" and "within") may now 
  149.                 also specify real values in Angstroms. "Slab", "zoom", 
  150.                 "rotate" and "translate" may also take non-integral values.
  151.  
  152. [14/09/94]      molecule.c
  153.         Extended RasMol's handling of CONECT records using the 
  154.         'pseudo-convention' that double and triple bonds are
  155.         specified twice and three times respectively. Thanks to
  156.                 Jeff Blaney and Dave Weinenger.
  157.  
  158. [14/09/94]    command.c
  159.         Improved the syntax of RasMol atom expressions. It is now
  160.         possible to specify a chain after a residue number or range
  161.         of residue numbers, e.g. select 5-8:a, 4b, 1:1, 6:*
  162.  
  163. [14/09/94]      script.c script.h
  164.                 Modified the algorithm used for outputing bonds (including
  165.                 backbone, hbonds and ssbonds) in WriteRasMolScript. This
  166.                 significantly reduces size of some resulting script files.
  167.                 Also corrected a bug outputing scripts containing ribbons.
  168.  
  169. [11/09/94]    rasmac.c applemac.c RasMac.rsrc
  170.                 Completed initial port of RasMol to the Apple Machintosh.
  171.                 All that remains to be done are the apple specific dialog
  172.                 boxes and apple events.
  173.  
  174. [01/09/94]      command.c
  175.                 Corrected a bug in LoadFile that caused the file depth to
  176.                 be reset. This resulted in `DisplaySelectCount' showing
  177.                 the result of each operation in a RasMol script.
  178.  
  179. [01/09/94]    script.c script.h outfile.c outfile.h
  180.                 Split the RasMol module "outfile", to produce a new module
  181.                 "script" responsible for generating script like output
  182.                 files. This avoids the 32K per segment limit on the Apple
  183.                 Machintosh.
  184.  
  185. [09/08/94]    transfor.c
  186.         Corrected bug in CPKColourAttrib that assumed there were 
  187.         only seven CPK colours. This caused compounds containing
  188.         heavy atoms to be displayed in the wrong colour.
  189.  
  190. [09/08/94]    pixutils.c
  191.         Corrected two bugs that were producing incorrectly drawn
  192.         vectors. The first in ClipVector resulted in lines never 
  193.                 being partially clipped, the other a bug in DrawTwinVector.
  194.  
  195. [08/08/94]    outfile.c
  196.         Improved quality of MolScript and Kinemage output files.
  197.  
  198. [04/08/94]    transfor.c transfor.h render.c
  199.         Improved implementation of shadowing using the fact that
  200.         the inverse of a general rotation matrix is its transpose.
  201.         This should improve the RasMol critical path!
  202.  
  203. [02/08/94]    molecule.c
  204.         Implemented the function ReadPDBCoord to allow RasMol to
  205.                 read in Chem3D format PDB files. Thanks to Henry Rzepa.
  206.  
  207. [02/08/94]    command.c
  208.         Disabled the use of "save" and "write" commands in RasMol
  209.         scripts. This avoids security problems when used with the
  210.         internet. Thanks to Martin Hargreaves and Ian Dunkin.
  211.  
  212. [01/08/94]    Makefile
  213.         Fixed problem that resulted in getpwnam only searching the
  214.                 local /etc/passwd and not NIS. Thanks to Mike Hann.
  215.  
  216. [27/07/94]    abstree.h abstree.c command.c
  217.         Added element name to periodic table to allow the use
  218.         of element names, and their corresponding plurals, as 
  219.         predefined set names containg all elements of that type.
  220.         For example, "select chlorines" and "select zinc".
  221.  
  222. [22/07/94]    raswin.c
  223.         Implemented "Drag & Drop" functionality in RasWin.
  224.  
  225. [20/07/94]    font.h pixutils.c pixutils.h render.c command.c tokens.h
  226.                 Implemented prototype atom labelling in RasMol. The commands
  227.                 "label <string>", "colour label <colour>" and "set fontsize 
  228.                 <value>" are all implemented. Needs more work on label
  229.                 placement, clipping and optimisations.
  230.  
  231. [14/07/94]    rasmol.c
  232.         Extended cursor key mappings in to handle DEC and ANSI control
  233.         sequences for cursor keys in application mode.
  234.  
  235. [14/07/94]    abstree.c abstree.h transfor.c transfor.h render.c molecule.c
  236.         Completed support for entire periodic table of elements. This
  237.         now uses a single structure for VdW radius and CPK colours.
  238.         The property "elemno" now specifies the atom's atomic number.
  239.  
  240. [11/07/94]    tokens.h command.c
  241.         Made the keyword 'source' synonymous with 'script', and 
  242.                 the keyword 'mainchain' synonymous with the predefined 
  243.                 set backbone.
  244.  
  245. [08/07/94]    tokens.h command.c molecule.c
  246.         Introduced the command 'connect' to force RasMol to
  247.                 determine the bonding of the current molecule.
  248.  
  249. [29/06/94]    molecule.c
  250.         Corrected bug in LoadPDBMolecule that resulted in CONECT
  251.                 records from Pat Walter's "babel" being misinterpreted.
  252.  
  253. [24/06/94]    outfile.c
  254.         Improved the quality of stick bonds in Vector PostScript by 
  255.                 shading them by their angle to the viewer.
  256.  
  257. [23/06/94]    outfile.c rasmol.doc
  258.         Corrected problem in WriteScriptFile that resulted in 
  259.         syntax errrors in RasMol script files describing hydrogen
  260.         (and disuplhide) bonding patterns. Thanks to Martti Tolvanen.
  261.  
  262. [17/06/94]    command.c
  263.         Introduced the file format "RasMol" to the write command
  264.                 which is equivalent to the "Script" format specifier.
  265.  
  266. [14/06/94]    raswin.c
  267.         Corrected minor bug that caused the About dialog box in 
  268.         Windows NT not to display the processor type. Special
  269.         thanks to Pedro Mendes.
  270.  
  271. [13/06/94]    rasmol.doc manual.doc manual.ps
  272.         Corrected Dreiding spelling mistake in rasmol.doc and fixed
  273.         problem with manual.ps caused by a bug in the PostScript
  274.                 printer driver supplied by Microsoft.
  275.  
  276. [09/06/94]      !Announced the public release of RasMol and RasWin version
  277.                 2.4, available by anonymous FTP from ftp.dcs.ed.ac.uk
  278.                 [129.215.160.5] in the directory /pub/rasmol. The announcement
  279.                 was made in bionet.software, bionet.announce, sci.bio,
  280.                 sci.chem, comp.graphics.visualisation, bionet.xtallography
  281.                 and sci.techniques.xtallography newsgroups.
  282.